De organisatie van LMC-VO is ingericht volgens de besturingsfilosofie van LMC-VO. De scholen zijn daarbij binnen de LMC-kaders autonoom. Zij zijn bijna geheel ingedeeld in scholengroepen. De scholengroepen worden geleid door directeuren scholengroep. Enkele scholen worden rechtstreeks aangestuurd door een directeur scholengroep maar ook kunnen er locatiedirecteuren aangesteld zijn. Eén school is nog niet ingedeeld in een scholengroep en heeft een locatiedirecteur die aangestuurd wordt door een directeur van één van de scholengroepen. Het College van Bestuur stuurt de directeuren scholengroep aan.

De voorzitter van het College van Bestuur, de heer drs. M.T. Otto, meldt in mei dat hij LMC-VO gaat verlaten. Hij is benoemd tot lid van het bestuur bij NHL Stenden Hogeschool. Hij rondt schooljaar 2020/2021 nog af bij LMC-VO en begint per schooljaar 2021/2022 aan zijn nieuwe functie bij de hogeschool. Zijn collega in het College van Bestuur, de heer R.C.M. Elgershuizen, leidt de organisatie de rest van het kalenderjaar als enige bestuurder. De vacature voor een nieuwe voorzitter wordt na de zomervakantie uitgezet en leidt tot een benoeming per half maart 2021. De nieuwe CvB voorzitter is gekozen op basis van de beste kwaliteiten, derhalve is LMC tevreden met de verdeling man/vrouw in het College van Bestuur.