De organisatie van LMC-VO is ingericht volgens de besturingsfilosofie van LMC-VO. De scholen zijn daarbij binnen de LMC-kaders autonoom. Zij zijn voor het merendeel  ingedeeld in scholengroepen. De scholengroepen worden geleid door directeuren scholengroepen. Op de verschillende scholen binnen de scholengroepen kunnen locatieleiders aangesteld zijn die de directeur vervangen als hij niet op de school is. Enkele scholen zijn nog niet ingedeeld in een scholengroep. Zij worden geleid door een directeur. Het College van Bestuur stuurt zowel de directeuren als de directeuren scholengroepen aan. Zij leggen verantwoording af aan het College van Bestuur.

De medezeggenschap is op schoolniveau/scholengroepniveau belegd bij de medezeggenschapsraden en op LMC-niveau bij de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad. Het stafbureau ondersteunt het College van Bestuur en de scholen.